Về phương diện các mối quan hệ với cây trồng, VSV có thể chia thành các nhóm.

Vi sinh vật cộng sinh:

• Sống chung với cây trồng trong những mối quan hệ rất khăng khít và là một phần không thể thiếu
• Cần ghi nhận vai trò của các loài VSV nốt sần rễ cây, chúng giúp cây trồng lấy được nitơ tự do trong không khí để làm thức ăn.

Vi sinh vật vùng rễ:

Đây là đội ngũ “vệ sinh viên” đông đảo và cần mẫn.

– Giúp cây phân hủy các chất hữu cơ, các chất cặn bã do cây bài tiết ra, các chất này thường là không cần thiết đối với cây, có độc cho cây.

– Các loại VSV này phần lớn là các loại đối kháng…gây bệnh cho cây ở trong đất và do đó tránh cho cây được nhiều loại bệnh.

– Qua quá trình phân hủy các chất hữu cơ, chúng cung cấp cho cây những chất dinh dưỡng cần thiết như P, Ca, Cu, Fe…

– Có vai trò đặc biệt quan trọng trong việc  độ màu mỡ, độ phì của đất.

– Đảm bảo trạng thái cân bằng cho cây trong môi trường đất.

Vi sinh vật sống tự do trên thân cây và trong không khí

Nhóm VSV này là các “vệ sinh viên” trên thân cây. Vai trò của chúng cũng tương tự như nhóm VSV vùng rễ trong đất

VSV gây bệnh cho cây

Nhóm VSV này khá đông đảo và thường gây ra nhiều thiệt hại cho nông nghiệp. Tuy nhiên, cho đến nay người ta còn nhìn nhận nhóm VSV này tương đối phiến diện. Người ta chỉ thấy gây hại mà quên mất vai trò của nó trong các chu trình chuyển hóa vật chất, trong cân bằng sinh thái.

Trong các hệ sinh thái, chính các mối quan hệ giữa các mối quan hệ giữa các loại VSV trong nhiều trường hợp mang ý nghĩa quyết định đối với trạng thái cân bằng, với sự tốn tại và phát triển của các hệ đó.